Neuer, o inglês Omar Richards e os franceses Kingsley Coman e Corentin Tolisso "testaram positivo para o coronavírus", explicou o líder da Bundesliga em sua página na internet.
O treinador adjunto Dino Toppmöller também foi infectado pela covid-19, acrescentou o clube.
Todos eles passam "bem" e "estão isolados em suas casas", segundo o Bayern.
A seleção de jogadores e equipe técnica do Bayern se submeterá na segunda-feira a testes PCR antes do início do treinamento.
O clube alemão já precisou se privar em dezembro do meia Joshua Kimmich, não vacinado e infectado com a covid-19.
A Bundesliga, liga de futebol alemã, será retomada na sexta-feira, 7 de janeiro, com o jogo entre o Bayern de Munique e o Borússia Mönchengladbach.